Gene Ontology可分為分子功能（Molecular Function），生物過程（biological process）和細胞組成（cellular component）三個部分。蛋白質或者基因可以通過ID對應或者序列注釋的方法找到與之對應的GO號，而GO號可對于到Term，即功能類別或者細胞定位。

參考網站：http://www.geneontology.org

功能分類

GO功能分類是在某一功能層次上統計蛋白或者基因的數目或組成，往往是在GO的第二層次。此外也有研究都挑選一些Term，而后統計直接對應到該Term的基因或蛋白數。結果一般以柱狀圖或者餅圖表示.

功能富集分析

功能富集需要有一個參考數據集，通過該項分析可以找出在統計上顯著富集的.該功能或者定位有可能與研究的目前有關。